福島県いわき市にあるアクアマリンふくしまは、日本一展示数の多い水族館であると、wikipediaにまとまっています。
(展示数は流動的であることに注意が必要です)
福島県のアクアマリンふくしまに続くのが、茨城のアクアワールド・大洗、東京の東京タワー水族館です。
水族館のランキングでは、日本一大きな水族館が名古屋港水族館、日本一大きな水槽を持つ沖縄美ら海水族館、日本一入場者数数が多い水族館も沖縄美ら海水族館、日本一展示種類数の多い水族館は鳥羽水族館、日本一標高が高い水族館は蓼科アミューズメント水族館です。

 

1位 アクアマリンふくしま 福島県 210,000点（約750種）
2位 アクアワールド・大洗 茨城県 68,000点（約580種）
3位 東京タワー水族館 東京都 50,000点（約900種）
4位 サンシャイン水族館 東京都 37,000点（約750種）
5位 鳥羽水族館 三重県 30,000点（約1200種）
5位 海遊館 大阪府 30,000点（約580種）