沖縄県国頭郡本部町にある沖縄美ら海水族館 (おきなわちゅらうみすいぞくかん)は、
日本一入場者数の多い水族館と、綜合ユニコム株式会社が発表した「レジャー施設 集客ランキング2016」に掲載されています。
1位の美ら海水族館は入場者数は340万人だったとのこと。
美ら海水族館といえば、日本一大きな水槽を持つ水族館としても有名ですね。

ちなみにテーマパークで日本一入場者数が多いのは、千葉県の東京ディズニーランド・東京ディズニーシー、
遊園地部門は、三重県の鈴鹿サーキット、動物園部門は東京都恩賜上野動物園、ミュージアム部門は金沢21世紀美術館が日本一の入場者数です。

また、水族館のランキングでは、日本一大きな水族館が名古屋港水族館、日本一展示数が多い水族館はアクアマリンふくしま、、日本一展示種類数の多い水族館は鳥羽水族館、日本一標高が高い水族館は蓼科アミューズメント水族館です。

1位 沖縄美ら海水族館 3,400,000人（105.3％）
2位 海遊館 2,450,000人（111.9％）
3位 名古屋港水族館 2,051,785人（104.3％）
4位 新江ノ島水族館 1,830,000人（106.4％）
5位 横浜・八景島シーパラダイス アクアリゾーツ 1,594,000人（101.5％）

(出展: 綜合ユニコム株式会社「レジャー施設 集客ランキング2016」)