沖縄にある沖縄美ら海水族館 (おきなわちゅらうみすいぞくかん)は、
日本一入場者数の多い水族館と、綜合ユニコム株式会社が発表した「レジャー施設 集客ランキング2016」に掲載されています。
1位の美ら海水族館は入場者数は340万人だったとのこと。
美ら海水族館といえば、日本一大きな水槽を持つ水族館としても有名ですね。

ちなみにテーマパークで日本一入場者数が多いのは、千葉県の東京ディズニーランド・東京ディズニーシー
遊園地部門は、三重県の鈴鹿サーキット動物園部門は東京都恩賜上野動物園ミュージアム部門は金沢21世紀美術館が日本一の入場者数です

また、水族館のランキングでは、日本一大きな水族館が名古屋港水族館日本一展示数が多い水族館はアクアマリンふくしま、、日本一展示種類数の多い水族館は鳥羽水族館日本一標高が高い水族館は蓼科アミューズメント水族館です。

1位 沖縄美ら海水族館 3,400,000人(105.3%)
2位 海遊館 2,450,000人(111.9%)
3位 名古屋港水族館 2,051,785人(104.3%)
4位 新江ノ島水族館 1,830,000人(106.4%)
5位 横浜・八景島シーパラダイス アクアリゾーツ 1,594,000人(101.5%)

(出展: 綜合ユニコム株式会社「レジャー施設 集客ランキング2016」)