日本で海から一番遠い地点は長野県佐久市田口字榊山209-1だそうです。
元々は筑波大学の学生さんからの質問があり国土地理院が調べたそうです。
wikipediaにこうあります。

1996年（平成8年）に茨城県つくば市の「地図と測量の科学館」で催された「なんでも相談コーナー夏休み相談会」において筑波大学の学生から「海からもっとも遠い地点はどこですか？」という質問がなされた。この問題に答えるために国土地理院によって調査が行われ、その結果長野県佐久市田口字榊山209-1（北緯36度10分36秒東経138度34分49秒座標: 北緯36度10分36秒 東経138度34分49秒、標高1200メートル）の地点が海から最も遠い地点として特定された[1]。

長野県のブログによると、その場を訪れたと申請するともらえる認定証もあるそうです。
これは行きたくなりますね。

なお、到達した方へは佐久市観光協会から「認定書」が交付されています。

大まかな場所はこちらです。