日本最大の貝塚は千葉県千葉市にある加曽利貝塚（かそりかいづか）となります。千葉県のwebサイト内にある「加曽利貝塚／千葉県」ページ内に、

千葉県の東京湾岸は、全国一の貝塚密集地帯として知られているが、なかでも加曽利貝塚は、直径約140mで環状の北貝塚と、長軸約190mで馬蹄形の南貝塚という連接した貝塚からなり、全体としては日本で最大の規模を有する貝塚である。

とのことです。ちなみに貝塚は関東地方に多く見つかっていますが、そもそも多かった可能性もありえますが、土地開拓や調査数が多いため、見つかっている数が多い、という事情もあるそうです。加曽利貝塚も現時点で発見されている日本最大であり、今後一位が変わる可能性もありえます。